Di lui sa sa poco, solo che era il figlio non reale (figlio di una concubina dell'arem) del suo predecessore Thutmose I dato in marito alla figlia reale Hatscepsut.

Combatte' contro i predoni nubiani e mori', pare a trent' anni di malattia lasciando una figlia e un figlio, il futuro Thutmose III nato dall' unione con una concubina dell'arem di nome Iside.

Thutmose II fu sepolto nella Valle dei Re, presso Tebe, nella tomba KV82.